“十五”期间，高等学校取得一批标志性自主创新成果，创新能力和学术水平得到国内外学术界高度认同。全国高校累计获得国家自然科学奖75项，占全国授奖总数的55.07％；技术发明奖64项，占全国授奖总数(可公布项目)的64.40％；科技进步奖433项，占全国授奖总数(可公布项目)的53.57％。

    北京大学完成的“人类细胞衰老的主导基因p16是人类细胞衰老遗传控制程序中的主要环节”、清华大学等25所大学联合承担的“中国下一代互联网示范工程”、中国科技大学完成的“科学家成功直接观察分子内部结构”和西北大学完成的“我国早期生命研究获重要成果”分别入选当年中国十大科技进展新闻。

    北京大学“中国早期蝾螈两栖类化石研究”的论文，被破格以4个整版发表在《NATURE》上。清华大学的“连续碳纳米管长线及其应用”研究成果在《NATURE》上发表。吉林大学的“被子植物新类群——“古果科”研究成果在《SCIENCE》封面发表。中山大学的“鼻咽癌分子遗传学研究和同济大学心脏房颤基因的定位”在《NATURE GENTICS》上发表。同济大学“人类心房颤动致病基因的发现”的研究论文，发表在《SCIENCE》上。　

    西北大学舒德干教授、云南大学侯先光教授等人主持完成的“澄江动物群与寒武纪大爆发”研究成果获得2003年国家自然科学一等奖。中南大学黄伯云院士主持完成的“高性能炭／炭航空制动材料的制备技术”和西北工业大学张立同院士主持完成的“耐高温长寿命抗氧化陶瓷基复合材料应用技术”同时获得2004年国家技术发明一等奖，打破我国连续6年无国家技术发明一等奖的局面。中国农业大学的玉米新品种“农大108”的选育与推广对我国农业和畜牧业的发展起了促进作用，社会和经济效益巨大。