1887年，加拿大安大略立法机构通过一项法案，决定根据参议员威廉·麦克马斯特的遗愿，利用他捐赠的巨额资金创建一所“基督教学校”，即麦克马斯特大学。它包括了设在蒙特利尔的加拿大浸礼教学院，设在伍德斯托克的加拿大文学院和设在多伦多的多伦多浸礼教学院，这些学院先后在1838年、1867年和1881年就开始了中学后教育。学校建立后，由董事会进行领导，董事会成员由安大略和魁北克的浸礼会直接管理。

　　1930年，麦克马斯特大学由多伦多搬到汉密尔顿。1948年，学校重组时由3个学院构成，即神学院（主要进行研究生教学），大学学院（主要进行人文学科的教学），汉密尔顿学院（主要进行理科教学），这是一所非教会的附属学院，由它自己的董事会管理。1957年，浸礼会撤销了对大学的控制，麦克马斯特大学和汉密尔顿学院变成了一个非教会的联合体。神学院成为附属神学院。1967年到1968年，学校重新改组，包括3个分部（下辖学院）。人文分部包括商学院、人文学院、社会科学院；理工分部由理学院和工学院组成；保健科学分部则由医学院组成。各分部由大学的3位副校长领导。1947年7月1日，学校取消了分部的结构，学院则继续存在，而医学院改称保健科学院，由护理学分院和医学分院组成。

　　目前麦大的学院有：商学院、工学院、研究生院、保健科学院、人文学院、理学院、社会科学院、继续教育学院、社会工作学院等。系一级有：解剖学、麻醉学、人类学、艺术与历史、生物化学、生物学、化学工程、土木工程、古典文学、临床流行病学、商业学、计算机科学与工程、经济、电气工程、工程物理、地质、地理、德语、历史、数学与统计学、机械工程、医学、冶金与材料科学、物理、政治科学、心理学、放射学、社会学等系。最高学位为哲学博士，可在商、工、理、医、文各学院攻读。

　　麦大100多年来，为加拿大培养了许多科学家和工程师，同时还有一批财界和政界的要人，也是它的学生。如安大略财政部长罗伯特·尼克松（Robert Nixon），加拿大自由党前内阁阁员约翰·芒罗（Jonhn Munro）。安大略前任副总理罗伯特·马丁（Lawrence Martin）等。