1986年兴办私立本科院校——仰恩大学，被社会各界誉为“当代的陈嘉庚”。吴庆星曾将仰恩大学交由福建省政府办学。后国家教委、福建省政府要求吴先生将仰恩大学作为中国教育改革的试点，独立办学。1994年改制由吴先生独资兴办。学校资产总额5亿元以上，在校本科生5236名。吴庆星十分重视教材改革，坚持引进国外教材，编写具有科学性、先进性和实用性的仰恩大学系列教材，并狠抓双语教学和计算机能力的培养，强调教会学生“学会做人”。吴先生最为看重的就是要热爱自己的祖国。中华全国归国华侨联合会于2001年授予仰恩大学“中国侨联爱国主义教育基地”光荣称号。