钟秉林于1969年在北京四中毕业后，曾赴延安插队；1977年于南京工学院机械系毕业后留校任教；1987年在南京工学院获工学硕士学位；1990年初被学校派赴英国留学，1994年在英国威尔士大学获哲学博士学位。在东南大学工作期间，钟秉林于1988年特批晋升为副教授。在1990～1994年在国外学习期间两次回国，先后担任东南大学机械工程系副系主任、系主任，1992年破格晋升为教授。1994年学成回国后被评聘为博士生指导教师，并任东南大学副校长，江苏省政协委员等职。1996年9月奉调到国家教育委员会任高等教育司司长， 2001年4月钟秉林奉调担任北京师范大学校长。
　 自80年代以来，钟秉林一直从事机械设备工况监视与故障诊断、动态系统建模与预报、质量工程等领域的科研和教学工作。先后负责或参加国家自然科学基金项目8项、国家863高技术发展研究基金项目2项、国家教委回国人员研究基金项目2项、教育部博士点基金项目1项，江苏省应用基础研究基金项目2项和省部级多项工程项目的研究和开发工作。鉴定成果8项，获省部级科技进步奖4项。

　近年来他已在国内外核心刊物和国际会议上发表科技论文40余篇，主编或参编专著或教材5本。他先后讲授过本科生、研究生课程8门，培养硕士、博士研究生20余名，目前指导博士研究生6名。钟秉林现任国务院学位委员会学科评议组成员，教育部科技委员会委员，中国振动工程学会理事，中国机械工程学会生产工程分会理事。《振动工程学报》、《机械工程学报》、《ｎｅｕｒａｌｃｏｍｐｕｔｉｎｇ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ》（英国）等国内外学术期刊的编委。

　钟秉林从1992年起享受政府特殊津贴。