2001年，教育部启动“对口支援西部地区高校计划”后至2005年，先后指定西安交通大学、武汉大学全面对口支援新大。

    法律诊所式教学是武汉大学与美国哥伦比亚大学合作的国际教学改革项目，是法硕教育的重要内容，是全国211工程院校法学教育改革的标志性成果。2006年，根据武汉大学对口支援新疆大学计划，该校法学博士柳正权到新疆大学法学院挂职副院长。他筹划将法律诊所式教学引入新疆大学。

    经过一个学期的准备，新疆大学法律诊所课作为法学院选修课正式开课。新疆大学法学院大二学生李晶说：“法学专业的课程概念性很强，非常抽象。法律诊所课则不同，既能通过模拟小组讨论、师生间问答等方式掌握法律要点，又能通过模拟法庭演练、法律咨询活动、免费为当事人提供非诉或诉讼代理业务等实践活动，熟悉法律工作事务。”

    国家863计划自动化领域首席科学家吴澄院士、中国工程院院士汪应洛、北京大学副校长、著名经济学家海闻教授等一批著名学者，自教育部开展对口支援计划以来，他们相继来到新疆大学进行短期学术交流。

    2005年，教育部又实施了“援疆学科建设计划”，该计划确定西安交通大学、武汉大学、北京大学、清华大学、北京交通大学、北京外国语大学等11所高校在21个一级学科上对口支援新疆大学。

    2006年，西安交通大学派出副校级领导、工科专家王小力到新疆大学挂职任副校长，在工科建设工作中，他深入基层调查研究，为新疆大学工科建设提出了新的发展思路，并担任“211工程”建设工科学科群负责人。不仅如此，针对新疆大学对专家型领导的需求，西安交通大学、武汉大学先后共派出15名专家到新疆大学挂职。这些专家在新疆大学管理工作、学科建设、科学研究、人才培养、教学改革等方面发挥了积极的作用。